Największe dzieło Darwina pt. O powstawaniu gatunków drogą doboru naturalnego, czyli o utrzymywaniu się doskonalszych ras w walce o byt traktuje się jako dzieło rewolucyjne. Książka ta jednak powstała w czasie, kiedy stopniowo zaczynano rozumieć świat i zjawiska przyrodnicze jako procesy nieustającej zmienności, a mit niezmiennego świata odchodził w zapomnienie. Zmienność i różnorodność organizmów wymagała więc ustalenia, jaki proces jest za to odpowiedzialny. Mechanizmem zaproponowanym przez Darwina był dobór naturalny, czyli przetrwanie osobników lepiej przystosowanych i przekazywanie cech adaptacyjnych potomstwu. W późniejszym czasie odkrycia biologii molekularnej wzbogaciły teorię Darwina o wiedzę z zakresu genetyki, szczególnie mutacji genetycznych, które w powszechnej opinii są odpowiedzialne za różnorodność organizmów. Współczesna wiedza naukowa dostarcza jednak nowych wiadomości, w świetle których mutacje nie są w stanie wytworzyć nowych genów ani „ulepszać” materiału genetycznego, a są jedynie edytowaniem już istniejących genów, najczęściej w postaci ich dezaktywacji. Michael J. Behe nazywa to dewolucją. Niemniej neodarwinizm do dzisiaj przedstawiany jest jako wiarygodne wyjaśnienie rozwoju życia. Co ciekawe, współcześnie coraz częściej zwraca się uwagę na luki występujące w tym ujęciu – czyni to nie tylko wspomniany wyżej Behe, ale także Jonathan Wells czy Michael Denton. Teoria Darwina zapewniła jednak coś, co ma szczególne znaczenie dla wielu ludzi – mianowicie mit pochodzenia, który ma charakter ściśle naturalistyczny.
Angielski przyrodnik traktował dobór naturalny jako siłę sprawczą i przypisywał mu moc twórczą. S.J. Gould podkreślił, że z darwinizmu jasno wynika, iż dobór naturalny stwarza osobniki lepiej dostosowane. Był to sposób Darwina na usunięcie z nauki Boga czy jakiegokolwiek innego absolutu, dlatego też sprawczość przypisywana jest zjawisku naturalnemu cechującemu się losowością. Dobór naturalny stanowi wyjaśnienie pojawiania się nowych gatunków na przestrzeni lat. Wynika to z przyjętego przez Darwina naturalizmu metodologicznego, który miał wyprzeć nadnaturalizm obecny w nauce od dawna. Nadnaturalizm bowiem cechuje się dostrzeganiem w przyrodzie celowości będącej, najogólniej rzecz ujmując, dziełem Boga lub innej istoty nadnaturalnej. Największy wpływ Darwina zaznaczył się w sposobie patrzenia na świat i uprawiania nauki właśnie poprzez wprowadzenie do nauki naturalizmu metodologicznego.
Zgodnie z zasadą naturalizmu metodologicznego nic w nauce nie może być rozpatrywane w świetle przyczyn celowościowych lub nadnaturalnych. Kazimierz Jodkowski zauważa, że naturalizm metodologiczny składa się z dwóch rodzajów naturalistycznego podejścia – naturalizmu antynadnaturalistycznego i naturalizmu antyartyficjalistycznego. Ten epistemiczny układ odniesienia (zbiór wstępnych przekonań i założeń) przyjmuje często rangę dogmatu w nauce, ze względu na religijny charakter darwinizmu. Warto przytoczyć jeszcze wnikliwszą analizę opisaną przez Imre Lakatosa, który zauważa, że „teoria doboru naturalnego ma w istocie religijne uzasadnienie, jest wyłącznie sformułowaniem naturalizmu metodologicznego”, aby dogmatyzować to podejście do nauki. Darwinizm jest więc w gruncie rzeczy filozofią, a dane empiryczne wydają się być wykorzystywane wyłącznie jako potwierdzenie założeń darwinistycznych.
Niebezpieczeństwo płynące z rewolucji zapoczątkowanej przez Darwina polega na tym, że naturalizm metodologiczny traktowany jest jako jedyne słuszne i jedyne możliwe rozumienie naukowości. Odrzuca się przez to z nauki np. takie podejście jak artyficjalizm, który jest charakterystyczny dla teorii inteligentnego projektu. Należy przy tym pamiętać, że akceptacja zasady naturalizmu metodologicznego jest wyłącznie arbitralną decyzją uczonych. Nie jest więc wykluczone, że w bliżej nieokreślonej przyszłości nastąpi zmiana epistemicznego układu odniesienia i uczeni nie zwrócą się w stronę artyficjalizmu. Wydaje się, że niemożliwe byłoby to jednak bez kolejnej rewolucji naukowej.
O problemach współczesnego rozumienia naukowości, epistemicznych układach odniesienia oraz wkładzie Darwina w metodologię nauki pisze więcej Anna Nehring-Rupińska w artykule Pokłosie Darwina. Kilka słów o doborze naturalnym i naturalizmie metodologicznym opublikowanym na stronie „W poszukiwaniu projektu”.
